1	西大山駅	鹿児島県揖宿郡開聞町　 （合併後：指宿市）	指宿枕崎線 日本最南端の駅
2	西鹿児島駅	鹿児島県鹿児島市	鹿児島本線
3	大畑駅	熊本県球磨郡球磨村	肥薩線
4	一勝地駅	熊本県球磨郡球磨村	肥薩線
5	日之影温泉駅	宮崎県西臼杵郡日之影町	高千穂鉄道 駅舎内に日帰り入浴のできる温泉がある。
6	豊後竹田駅	大分県竹田市	豊肥本線
7	由布院駅	大分県大分郡湯布院町 （合併後：由布市）	久大本線
8	夜明駅	大分県日田市	久大本線／日田彦山線
9	鳥栖駅	佐賀県鳥栖市	鹿児島本線／長崎本線
10	長崎駅	長崎県長崎市	長崎本線
11	島原駅	長崎県島原市	島原鉄道
12	香春駅	福岡県田川郡香春町	日田彦山線
13	折尾駅	福岡県北九州市八幡西区	鹿児島本線／筑豊本線
14	門司港駅	福岡県北九州市門司区	鹿児島本線 ローマのテルミネ駅を模したといわれるが、近くのレトロ地区の雰囲気にマッチしていた
15	宇和島駅	愛媛県宇和島市	予讃線
16	中村駅	高知県中村市 （合併後：四万十市）	土佐くろしお鉄道
17	道後温泉駅	愛媛県松山市	伊予鉄道
18	三津駅	愛媛県松山市	伊予鉄道
19	海部駅	徳島県海部郡海部町 （合併後：海陽町）	牟岐線／阿佐海岸鉄道
20	琴平駅	香川県仲多度郡琴平町	土讃線
21	西岩国駅	山口県岩国市	岩徳線
22	出雲大社前駅	島根県簸川郡大社町 （合併後：出雲市）	一畑電鉄
23	旧大社駅	島根県簸川郡大社町 （合併後：出雲市）	旧大社線
24	出雲横田駅	島根県仁多郡横田町 （合併後：奥出雲町）	木次線
25	出雲坂根駅	島根県仁多郡横田町 （合併後：奥出雲町）	木次線
26	備中高梁駅	岡山県高梁市	伯備線
27	境港駅	鳥取県境港市	境線
28	加古川駅	兵庫県加古川市	山陽本線
29	神戸駅	兵庫県神戸市	東海道本線／山陽本線
30	大阪駅	大阪府大阪市北区	東海道本線
31	浜寺公園駅	大阪府堺市	南海電鉄南海本線
32	奈良駅	奈良県奈良市	関西本線／桜井線
33	新宮駅	和歌山県新宮市	紀勢本線
34	二条駅	京都府京都市中京区	山陰本線
35	旧加悦駅	京都府与謝郡加悦町 （合併後：与謝野町）	旧加悦鉄道
36	鳥居本駅	滋賀県彦根市	近江鉄道本線
37	旧長浜駅	滋賀県長浜市	北陸本線
38	上野市駅	三重県上野市 （合併後：伊賀市）	近鉄伊賀線
39	宇治山田駅	三重県伊勢市	近鉄山田線／鳥羽線
40	養老駅	岐阜県養老郡養老町	近鉄養老線
41	本揖斐駅	岐阜県揖斐郡大野町	名鉄揖斐線	名鉄揖斐線そのものが既に廃線となっていて、駅舎すら残っていなかった。谷汲の方から移動する際に草むしてサビついた線路が見え、もしやと思いながら来たのだが、やっぱり廃線だった。便所だけが残っていたようだ。
42	木曽川駅	愛知県葉栗郡木曽川町 （合併後：一宮市）	東海道本線
43	下呂駅	岐阜県益田郡下呂町 （合併後：下呂市）	高山本線
44	三島駅	静岡県三島市	東海道本線
45	伊豆高原駅	静岡県伊東市	伊豆急行
46	加賀一の宮駅	石川県金沢市	北陸鉄道石川線
47	輪島駅	石川県輪島市	のと鉄道七尾線
48	縄文真脇駅	石川県鳳至郡能都町 （合併後：能登町）	のと鉄道能登線
49	雨晴駅	富山県氷見市	氷見線
50	上諏訪駅	長野県諏訪市	中央本線
51	野辺山駅	長野県南佐久郡南牧村	小海線
52	別所温泉駅	長野県小県郡青木村	上田交通
53	捨駅	長野県埴科郡戸倉町 （合併後：千曲市）	篠ノ井線
54	長野駅	長野県長野市	信越本線
55	松代駅	長野県長野市	長野電鉄河東線
56	飯山駅	長野県飯山市	飯山線
57	弥彦駅	新潟県西蒲原郡弥彦村	弥彦線
58	川原湯温泉駅	群馬県吾妻郡長野原町	吾妻線
59	横川駅	群馬県安中市松井田町横川	信越本線
60	奥多摩駅	東京都西多摩郡奥多摩町	青梅線
61	高尾駅	東京都八王子市	中央本線
62	国立駅	東京都国立市	中央本線
63	原宿駅	東京都新宿区	山手線
64	東京駅	東京都千代田区	東海道本線／東北本線他
65	上野駅	東京都台東区	東北本線
66	両国駅	東京都墨田区	総武本線
67	三ノ輪橋駅	東京都	都電荒川線
68	上総亀山駅	千葉県君津市	久留里線
69	上総中野駅	千葉県夷隅郡大多喜町	小湊鉄道／いすみ鉄道
70	外川駅	千葉県銚子市	銚子電鉄
71	鉾田駅	茨城県鹿島郡鉾田町 （合併後：鉾田市）	鹿島鉄道
72	高萩駅	茨城県高萩市	常磐線
73	水沼駅	群馬県勢多郡黒保根村 （合併後：桐生市）	わたらせ渓谷鐵道
74	日光駅	栃木県日光市	日光線
75	茂木駅	栃木県芳賀郡茂木町	真岡鐵道
76	白河駅	福島県白河市	東北本線
77	塔のへつり駅	福島県南会津郡下郷町	会津鉄道
78	高畠駅	山形県東置賜郡高畠町	奥羽本線・山形新幹線 駅舎内に日帰り入浴のできる温泉がある。
79	小国駅	山形県西置賜郡小国町	米坂線
80	山寺駅	山形県山形市	仙山線
81	北仙台駅	宮城県仙台市	仙山線
82	遠野駅	岩手県遠野市	釜石線
83	ほつとゆだ駅	岩手県和賀郡湯田町 （合併後：西和賀町）	北上線 駅舎内に日帰り入浴のできる温泉がある。
84	角館駅	秋田県仙北郡角館町 （合併後：仙北市）	田沢湖線／秋田内陸縦貫鉄道
85	驫木駅	青森県西津軽郡深浦町	五能線
86	津軽五所川原駅	青森県五所川原市	津軽鉄道
87	青森駅	青森県青森市	東北本線／奥羽本線他
88	江差駅	北海道檜山郡江差町	江差線
89	函館駅	北海道函館市	函館本線
90	大沼公園駅	北海道亀田郡七飯町	函館本線
91	小樽駅	北海道小樽市	函館本線
92	増毛駅	北海道増毛郡増毛町	留萌本線
93	美瑛駅	北海道上川郡美瑛町	富良野線
94	根室駅	北海道根室市	根室本線
95	川湯温泉駅	北海道川上郡弟子屈町	釧網本線
96	北浜駅	北海道網走市	釧網本線
97	網走駅	北海道網走市	石北本線／釧網本線
98	塩狩駅	北海道上川郡和寒町	宗谷本線
99	音威子府駅	北海道中川郡音威子府村	宗谷本線
100	稚内駅	北海道稚内市	宗谷本線